BMKGene vertailee mikrobiston DNA-sekvensointimenetelmiä

Biomarker Technologies (BMKGene) on julkaissut kattavan vertailun kahdesta keskeisestä mikrobiston tutkimusmenetelmästä: amplikonisekvensoinnista ja shotgun-metagenomisesta sekvensoinnista. Tiedot auttavat tutkijoita valitsemaan sopivimman sekvensointistrategian riippuen tutkimuskohteesta ja käytettävissä olevista resursseista.

Molemmilla menetelmillä on omat etunsa ja rajoituksensa. Amplikonisekvensointi kohdistuu tiettyihin markkerigeeneihin, kuten 16S rRNA:han, ja soveltuu hyvin lajien tunnistamiseen ja mikrobiyhteisöjen monimuotoisuuden kartoittamiseen, erityisesti kun DNA-näytteet ovat heikkolaatuisia tai niitä on vähän. Menetelmä on myös kustannustehokkaampi suurille näytemäärille.

Shotgun-metagenominen sekvensointi sen sijaan fragmentoi koko mikrobiyhteisön DNA:n satunnaisesti ja sekvensoi sen. Tämä lähestymistapa tarjoaa yksityiskohtaisempaa tietoa mikrobien geneettisestä kapasiteetista, aineenvaihduntareiteistä ja sisältää myös virusten tunnistamisen. Se vaatii kuitenkin laadukkaampaa ja suurempaa DNA-määrää sekä enemmän laskentaresursseja.

BMKGene korostaa, että menetelmän valinta riippuu tutkimuksen tavoitteista. Esimerkiksi kantojen vaihtelun tai uusien mikrobien löytämisen tutkimiseen shotgun-metagenomiikka on parempi. Laajempiin monimuotoisuustutkimuksiin ja budjettirajoitteisiin projekteihin amplikonisekvensointi voi olla sopivampi.

Yhtiö tarjoaa molempia sekvensointipalveluita, räätälöitynä asiakkaan tarpeiden mukaan, sisältäen kokeellisen suunnittelun ja bioinformatiivisen analyysin.