Biomarker Technologies julkaisi ohjeistuksen HMW-DNA:n käsittelyyn genomiikan sekvensoinnissa
BMKGene on julkaissut ohjeistuksen korkeamolekyylisen DNA:n käsittelystä PacBio HiFi -sekvensointia varten. Oikealla esikäsittelyllä pyritään varmistamaan genomin kokoamisen tarkkuus ja laatu.
Biomarker Technologies (BMKGene) on julkaissut opastusvideon, jossa keskitytään korkeamolekyylisen (HMW) DNA:n käsittelyyn PacBio HiFi -genomikokoonpanoja varten. HMW-DNA:n eheys on kriittinen tekijä onnistuneen sekvensoinnin ja genomin laadun kannalta.
Yhtiön kenttäsovellusasiantuntija Ana Vila-Santa korostaa videolla, että DNA-molekyylien pitkät ketjut ovat alttiita mekaanisille vaurioille. Keskeisiä suosituksia ovat muun muassa vortex-sekoituksen välttäminen ja pipetointikertojen minimoiminen, jotka voivat lyhentää DNA-fragmentteja ja siten heikentää sekvensointituloksia.
Lisäksi BMKGene muistuttaa, että pelkkä DNA-pitoisuuden mittaaminen ei riitä näytteen laadun arviointiin. Yhtiö suosittelee geelielektroforeesin käyttöä fragmenttien eheyden varmistamiseksi ennen sekvensointia. Laadukas lähtömateriaali on edellytys sille, että sekvensoinnilla voidaan tehokkaasti ylittää genomin toistuvia alueita.
Tämä ohjeistus on osa laajempaa BMKGenen tarjoamaa genomiikan palvelukokonaisuutta. Tutkijoiden kehotetaan keskustelemaan näytevaatimuksista yhtiön asiantuntijoiden kanssa ennen projektien käynnistämistä.