Biomarker Technologies esittelee uuden menetelmän geneettisen vaihtelun tutkimiseen

Biomarker Technologies on esitellyt SLAF-seq (Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing) -nimisen menetelmän, joka on suunniteltu helpottamaan geneettisen vaihtelun tutkimista eri populaatioissa. Tämä kehittynyt genomisekvensointitekniikka mahdollistaa geneettisten markkereiden tunnistamisen koko genomista ilman välttämätöntä tarvetta referenssigenomille.

SLAF-seq-menetelmä perustuu genomisten tunnisteiden luomiseen, jotka jakautuvat tasaisesti genomiin ja voidaan sekvensoida Illumina-alustalla. Yhtiön mukaan tekniikka tarjoaa joustavuutta, joka voi olla hyödyllinen erityisesti suurten lukumäärien näytteitä sisältävissä populaatiotutkimuksissa ja suurigenomisissa lajeissa.

Menetelmä alkaa "in silico" -esisuunnittelulla, jossa analysoidaan genomi sopivien restriktioentsyymien löytämiseksi. Tämä vaihe auttaa varmistamaan tasaisen jakautumisen ja mahdollistaa kokeen optimoinnin kolmella eri entsyymiyhdistelmällä. SLAF-seq eroaa joistakin muista vastaavista tekniikoista, kuten ddRAD-seq, restriktioentsyymien ja kirjaston rakennusstrategian osalta.

Yhtiö korostaa tekniikan soveltuvuutta geneettisten karttojen rakentamiseen, genominlaajuisiin assosiaatiotutkimuksiin (GWAS) ja populaatioiden evoluution tutkimiseen. SLAF-seq:n kerrotaan olevan käytännöllinen lähestymistapa suuren mittakaavan geneettisiin tutkimuksiin, joissa tarvitaan tehokasta markkerien löytämistä monista yksilöistä.