BMKGene yhdistää ATAC-seq- ja RNA-seq-dataa geenien säätelyn ymmärtämiseksi

Biomarker Technologies (BMKGene) on kehittänyt palveluita, jotka yhdistävät ATAC-seq- ja RNA-seq-teknologiat geenien säätelymekanismien selvittämiseksi. Yhdistämällä nämä kaksi menetelmää tutkijat voivat saada syvempää ymmärrystä siitä, miten muutokset kromatiinin rakenteessa vaikuttavat geenien ilmentymistasoihin eri biologisissa tilanteissa.

RNA-seq mittaa geenien ilmentymistasoja koko genomin laajuisesti, tunnistamalla muun muassa eri tavoin ilmentyvät geenit ja niiden toiminnalliset reitit. ATAC-seq puolestaan kartoittaa, mitkä kromatiinin alueet ovat avoimia transkriptiokoneistolle. Yhdistämällä nämä datalähteet, tutkijat voivat tarkastella, miten kromatiinin saavutettavuuden muutokset korreloivat geenien ilmentymisen muutosten kanssa.

BMKGene tarjoaa monomisia sekvensointi- ja bioinformatiikkapalveluita, jotka tukevat tätä integroitua analyysiä. Yhtiön mukaan tämä lähestymistapa mahdollistaa siirtymisen pelkästä kysymyksestä 'Mitkä geenit muuttuivat?' syvempään analyysiin 'Mitkä säätelyalueet muuttuivat ja miten ne liittyvät muuttuneeseen geenien ilmentymiseen?'.

Integrointi voi auttaa tunnistamaan säätelyalueita, jotka vaikuttavat suoraan tiettyjen geenien ilmentymisen muutoksiin. Esimerkiksi, jos geenin ilmentyminen lisääntyy ja sen promoottori- tai lähialueiden kromatiini muuttuu saavutettavammaksi, se antaa vahvaa näyttöä säätelyn ja ilmentymisen välisestä yhteydestä.