Epigenomiikka auttaa kasvinjalostusta monilukuisissa viljelykasveissa

Biomarker Technologies (BMKGene) on korostanut epigenomiikan potentiaalia monilukuisten viljelykasvien, kuten vehnän, puuvillan ja perunan, jalostuksessa. Nämä kasvit, joilla on useita kromosomistoja, tuottavat monimutkaisia geneettisiä haasteita. Perinteiset jalostusmenetelmät, jotka perustuvat DNA-sekvenssiin ja SNP-genotyypitykseen, eivät aina selitä kasvien välisiä eroja esimerkiksi säänkestävyydessä tai sadossa.

Epigenetiikka tarjoaa lisäkerroksen tietoon geenien säätelystä vaikuttamatta itse DNA-rakenteeseen. Yrityksen mukaan epigenominen tieto voi auttaa ymmärtämään alagenomien hallintaa, hiljaisten geenien aktivoitumista ja uusien polyploidisten genomien vakauttamista. Näitä mekanismeja ovat DNA-metylaatio, histonimodifikaatiot ja pienet RNA-ohjatut DNA-metylaatiot.

BMKGene huomauttaa, että polyploidisten kasvien tutkimukseen sopivien epigenomisten analyysimenetelmien valinta on ratkaisevaa. Yritys vertailee teknologioita, kuten Enzymatic Methyl-Seq (EM-Seq), Whole-Genome Bisulfite Sequencing (WGBS), CUT&Tag/CUT&RUN sekä ATAC-Seq. Nämä menetelmät tarjoavat eri resoluutioita ja soveltuvat erilaisten epigenomisten merkkien tunnistamiseen, mikä on tärkeää monimutkaisissa kasvigenomeissa.

Esimerkkinä on käytetty allotetraploidista puuvillaa, jonka tutkimuksessa on pyritty selvittämään alagenomien välistä vuorovaikutusta. Epigenomisen säätelyn avulla voidaan auttaa ymmärtämään kasvien agronomisesti tärkeitä ominaisuuksia. BMKGene tarjoaa työkaluja ja palveluita, jotka tukevat kasvitutkimusta ja edistävät tehokkaampien ja kestävien viljelykasvien kehittämistä.