Biomarker Technologies compare les méthodes de séquençage d'ADN pour les études de microbiome

Biomarker Technologies (BMKGene) a publié une comparaison approfondie de deux méthodes principales de séquençage d'ADN utilisées dans la recherche sur le microbiome : le séquençage par amplicon et le séquençage métagénomique shotgun. L'analyse vise à fournir aux chercheurs une compréhension claire des caractéristiques distinctes de chaque technique afin de faciliter un choix éclairé de la méthode.

Le séquençage par amplicon cible des gènes marqueurs spécifiques, tels que l'ARNr 16S, fournissant des informations sur la composition taxonomique et la diversité des communautés microbiennes. Cette méthode est souvent privilégiée pour son rapport coût-efficacité avec un grand nombre d'échantillons et sa capacité à donner des résultats même avec de l'ADN dégradé ou de faibles biomasses. Cependant, elle offre généralement une résolution au niveau du genre et peut être sujette aux biais d'amorces.

En revanche, le séquençage métagénomique shotgun fragmente l'ADN total de la communauté et le séquence de manière aléatoire. Cette approche offre une image plus large, capturant des informations génomiques, des gènes fonctionnels et même des virus. Elle permet une résolution au niveau de l'espèce et de la souche, ainsi que la récupération directe de gènes fonctionnels, mais nécessite de l'ADN de meilleure qualité et des ressources informatiques considérables pour l'analyse.

BMKGene souligne que le choix entre ces méthodes dépend de manière critique des objectifs de la recherche. Le séquençage métagénomique shotgun est mieux adapté aux études portant sur la variation des souches, les voies métaboliques ou la découverte de nouveaux organismes. Le séquençage par amplicon reste précieux pour le criblage de diversité à grande échelle et les projets soumis à des contraintes budgétaires.

L'entreprise propose des services de séquençage par amplicon et métagénomique shotgun, ainsi que la conception expérimentale et l'analyse bioinformatique, pour répondre à un éventail de besoins en recherche sur le microbiome.