Biomarker Technologies publie un guide pour le choix des services de séquençage 16S rRNA

Biomarker Technologies, également connu sous le nom de BMKGene, a publié un guide complet offrant aux chercheurs sept conseils pratiques pour choisir des services de séquençage 16S rRNA. Cette publication vise à aider les laboratoires à obtenir des données de haute qualité et à améliorer l'interprétabilité des résultats de recherche dans les études complexes sur les microbiomes.

Le guide souligne que la sélection d'un prestataire de services ne doit pas dépendre uniquement du prix, mais plutôt de la résolution biologique, de la qualité des données et des capacités analytiques. Biomarker Technologies note que le marché des services de séquençage de nouvelle génération (NGS) connaît une croissance constante, la recherche sur les microbiomes étant un moteur important. Lors du choix d'un fournisseur, il est crucial d'examiner attentivement les détails techniques tels que les amorces, les régions cibles, les plateformes de séquençage, les longueurs de lecture et les seuils de qualité.

Le guide présente plusieurs considérations clés. Celles-ci comprennent la comparaison de la qualité du séquençage par rapport à la référence Illumina Q30, la définition d'objectifs pour la profondeur de lecture et la comparaison des variants de séquences d'amplicons (ASV) avec les classifications traditionnelles d'OTU à 97 %. Il recommande également l'utilisation de contrôles négatifs et de communautés témoins pour détecter la contamination et assurer la reproductibilité.

Biomarker Technologies insiste sur l'importance de la transparence et de la clarté dans les informations fournies par les prestataires. Une documentation technique ambiguë peut indiquer des problèmes potentiels. L'entreprise conseille également d'examiner la qualité et la reproductibilité des rapports bioinformatiques. Bien que l'accréditation ISO 17025 puisse accroître la confiance, elle ne valide pas à elle seule chaque flux de travail de microbiome. Poser des questions prudentes permet d'éviter les biais et de choisir un service qui correspond aux conceptions d'études spécifiques, aux budgets et aux risques scientifiques.