Biomarker Technologies présente SLAF-seq pour l'étude de la variation génétique

Biomarker Technologies a introduit le SLAF-seq (Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing), une méthode conçue pour faciliter l'étude de la variation génétique au sein de diverses populations. Cette technique avancée de séquençage du génome permet l'identification de marqueurs génétiques dans tout le génome sans nécessiter absolument un génome de référence.

La méthode SLAF-seq repose sur la génération d'étiquettes génomiques uniformément réparties dans le génome, qui peuvent être séquencées sur une plateforme Illumina. L'entreprise décrit la technique comme flexible, ce qui peut être particulièrement bénéfique pour les études de population impliquant un grand nombre d'échantillons ainsi que pour les espèces aux grands génomes.

Le processus commence par une phase de pré-conception "in silico" pour analyser le génome et identifier des enzymes de restriction appropriées. Cette étape vise à assurer une distribution homogène et permet une optimisation expérimentale à l'aide de trois combinaisons d'enzymes différentes. Le SLAF-seq se distingue de certaines techniques similaires, telles que le ddRAD-seq, par son choix d'enzymes de restriction et sa stratégie de construction de librairie.

L'entreprise souligne l'applicabilité de la technique pour la construction de cartes génétiques, la réalisation d'études d'association pangénomiques (GWAS) et l'exploration de l'évolution des populations. Le SLAF-seq est présenté comme une approche pratique pour les études génétiques à grande échelle nécessitant une découverte efficace de marqueurs chez de nombreux individus.