Duke-NUS : l'échantillonnage environnemental détecte plus efficacement les virus aviaires que les tests sur les oiseaux
Des scientifiques de la Duke-NUS Medical School ont découvert que les virus aviaires peuvent être détectés plus efficacement par l'échantillonnage de l'environnement des marchés de volailles vivantes que par le test d'oiseaux individuels.
Jeudi 5 mars 2026 – Des chercheurs de la Duke-NUS Medical School à Singapour ont identifié une méthode plus efficace pour détecter les virus aviaires sur les marchés de volailles vivantes. Leur étude, publiée dans Nature Communications, démontre que l'échantillonnage environnemental, y compris l'air et les surfaces, révèle un spectre plus large de virus, y compris des souches dangereuses de grippe aviaire, de manière plus complète que les tests traditionnels sur les oiseaux.
Les méthodes de surveillance conventionnelles impliquent le test d'oiseaux individuels, un processus laborieux qui peut ne pas détecter les virus si les oiseaux échantillonnés ne sont pas infectés au moment du test. L'étude a plutôt analysé l'environnement du marché entre janvier 2022 et avril 2023 au Cambodge. Des échantillons d'air, de cages et d'eau ont été collectés et analysés par séquençage métagénomique, qui identifie tout matériel génétique présent.
Les résultats ont montré que les échantillons environnementaux ont permis de suivre 40 virus aviaires différents, y compris des virus de la grippe et des coronavirus. Notamment, le virus hautement pathogène de la grippe aviaire H5N1 a été identifié dans des échantillons environnementaux, même lorsqu'il n'était pas détecté chez les oiseaux testés simultanément. Cela suggère qu'une surveillance basée uniquement sur les tests d'oiseaux pourrait sous-estimer l'étendue réelle de la circulation virale.
Selon l'étude, l'échantillonnage environnemental, en particulier les échantillons d'air, offre une image plus complète de la circulation virale sur les marchés. Bien que les chercheurs soulignent que la surveillance environnementale devrait compléter, et non remplacer, les tests sur les oiseaux, cette méthode offre un moyen plus sûr et plus évolutif d'améliorer la détection précoce des épidémies virales et la préparation. L'équipe de recherche prévoit d'étendre l'application de cette méthode à d'autres environnements à haut risque.