Biomarker Technologies introducerar ny metod för att kartlägga genetisk variation

Biomarker Technologies har introducerat SLAF-seq (Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing), en metod som syftar till att underlätta studiet av genetisk variation i olika populationer. Denna avancerade genomsekvensteknik gör det möjligt att identifiera genetiska markörer över hela genomet utan ett absolut krav på ett referensgenom.

SLAF-seq-metoden bygger på att generera genomiska taggar som är jämnt fördelade i genomet och kan sekvenseras på en Illumina-plattform. Företaget beskriver tekniken som flexibel, vilket kan vara särskilt användbart för populationsstudier som involverar ett stort antal prover samt för arter med stora genom.

Metoden inleds med en "in silico" fördesignfas för att analysera genomet och identifiera lämpliga restriktionsenzymer. Denna fas syftar till att säkerställa en jämn fördelning och möjliggör optimering av experimentet med tre olika enzymkombinationer. SLAF-seq skiljer sig från vissa andra liknande tekniker, som ddRAD-seq, i valet av restriktionsenzymer och strategin för biblioteksbyggnad.

Företaget framhåller tekniken som lämplig för att konstruera genetiska kartor, utföra genomtäckande associationsstudier (GWAS) och studera populationers evolution. SLAF-seq beskrivs som ett praktiskt tillvägagångssätt för storskaliga genetiska studier där effektiv identifiering av markörer över många individer krävs.