BMKGene integrerar ATAC-seq och RNA-seq för att kartlägga genreglering

Biomarker Technologies (BMKGene) har utvecklat tjänster som kombinerar ATAC-seq- och RNA-seq-teknologier för att kartlägga mekanismerna bakom genreglering. Genom att integrera dessa två metoder kan forskare få en djupare förståelse för hur förändringar i kromatinets struktur påverkar genuttrycksnivåer under olika biologiska förhållanden.

RNA-seq mäter genuttrycksnivåer över hela genomet, och identifierar bland annat differentiellt uttryckta gener och deras funktionella vägar. ATAC-seq, å andra sidan, kartlägger vilka regioner av kromatinet som är tillgängliga för transkriptionsmaskineriet. Genom att integrera dessa datakällor kan forskare undersöka hur förändringar i kromatinets tillgänglighet korrelerar med förändringar i genuttryck.

BMKGene erbjuder multiomiska sekvenserings- och bioinformatiktjänster som stödjer denna integrerade analys. Enligt företaget möjliggör detta tillvägagångssätt att gå bortom frågan 'Vilka gener förändrades?' till en djupare analys av 'Vilka reglerande regioner förändrades, och hur relaterar dessa förändringar till altererat genuttryck?'.

Integrationen kan hjälpa till att identifiera reglerande regioner som direkt påverkar förändringar i specifika geners uttryck. Till exempel, om ett genuttryck ökar samtidigt som kromatinets tillgänglighet i dess promotor- eller närliggande regioner ökar, ger det starka bevis för en koppling mellan reglering och uttryck.