Epigenomik kan förbättra förädling av polyploid grödor

Biomarker Technologies (BMKGene) har lyft fram epigenomikens potential för förädling av polyploid grödor, inklusive vete, bomull och potatis. Dessa växter, som har tre eller fler kompletta uppsättningar kromosomer, presenterar komplexa genetiska utmaningar. Traditionella förädlingsmetoder, som baseras på DNA-sekvenser och SNP-genotypning, förklarar inte alltid variationer i egenskaper som torktolerans eller avkastning mellan olika sorter.

Epigenetiken erbjuder ett extra lager av genreglering utan att förändra själva DNA-strukturen. Enligt företaget kan epigenomisk information ge djupare insikter i subgenomisk dominans, reglering av tysta gener och stabilisering av nya polyploidiska genom. De primära epigenetiska mekanismerna inkluderar DNA-metylering, histonmodifieringar och RNA-styrd DNA-metylering.

BMKGene betonar vikten av att välja rätt epigenomiska analysmetoder för polyploid grödor. Företaget jämför teknologier som Enzymatic Methyl-Seq (EM-Seq), Whole-Genome Bisulfite Sequencing (WGBS), CUT&Tag/CUT&RUN och ATAC-Seq. Dessa metoder erbjuder varierande upplösning och är anpassade för att identifiera olika epigenetiska markörer, vilket är avgörande i komplexa växtgenom.

Som exempel nämns en studie av allotetraploid bomull ( Gossypium hirsutum), där forskare analyserade subgenomiskt samspel. Genom att förstå epigenetisk reglering kan man bättre förklara agrononomiskt viktiga egenskaper hos växter. BMKGene tillhandahåller verktyg och tjänster som stödjer växtforskning och främjar utvecklingen av mer effektiva och hållbara grödor.